No. El hecho de cambiar de plantilla Inmoweb no afecta a los datos que hayas introducido en tu panel, aunque si se modificará el aspecto visual, de como se muestran estos datos en tu web.
El cambio de plantilla sólo afecta al aspecto visual de diseño de tu web, por lo que no perderás ningún contenido, inmueble, sección, noticias del blog, etc…